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本发明提供一种选择切换目标小区的方法和基站控制器,该方法包括:基站控制器在配置切换邻区数据时,若检测到存在同频邻区,则为所述同频邻区设置一个或多个相关小区,所述相关小区为服务小区的非同频邻区;所述基站控制器根据用户终端上报的邻区测量报告进行切换判决,获取切换候选小区,若判断所述切换候选小区中存在同频邻区,则根据所述同频邻区和预设的相关小区的情况选择切换目标小区。本发明通过对邻区增加是否是同频邻区标识以及给同频邻区设置相关小区,能够有效降低向同频邻区切换的可能性,能够有效减少由于同频邻区干扰导致的下行质量差切换掉话次数,降低用户终端切换掉话比率。