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本发明涉及植物病理学,具体地涉及棉花的内生真菌CEF08111及其在棉花黄萎病防治中的应用。本发明从棉花的内生真菌入手,通过分离、筛选、鉴定、温室的生物测定,获得对棉花黄萎病具有显著控制作用的菌株CEF08111(Gibellulopsis nigrescens),其保藏编号为:CGMCC No.5610。CEF08111能够在人工培养基上培养,容易获得和培养,以利于工厂化生产和推广应用。对黄萎病控制效果好,先接种CEF08111,4天后接种大丽轮枝菌,对棉花黄萎病的防治效果达到97.2%,对黄萎病有显著的控制作用,与生产上应用较多的枯草芽孢杆菌相比,防治效果提高50%左右,对人畜、昆虫和作物安全,环境友好。