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本发明涉及微生物领域,具体涉及棉花内生真菌CEF 559及其在棉花黄萎病防治中的应用。其保藏编号是:CGMCC No.11314。本发明获得的菌株CEF 559分离自棉花,对多数的作物不致病,解决了具有生防潜力的微生物可能转变为致病菌的问题,因此对人畜、昆虫和作物安全,环境友好。