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本发明提供了一种用于脑部医学图像分类的图像预处理方法和系统,其方法包括:基于多个样本个体相应的结构磁共振图像,利用微分同胚配准方法获取每对结构磁共振图像的配准形变场;利用所述每对结构磁共振图像的配准形变场,计算所述每对结构磁共振图像的非相似度,形成第一特征提取信息;将所述正电子发射计算机断层扫描图像线性配准到相应样本个体的结构磁共振图像上,基于每对结构磁共振图像间的配准形变场对相应两幅正电子发射计算机断层扫描图像进行空间匹配后计算两幅正电子发射计算机断层扫描图像之间的非相似度。本发明不会受到模板空间的选择和建立的影响、同时也不会受到图像噪声等的影响,相比现有技术,图像预处理的结果更加稳定和精确。