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一种基于水脂分离的无参考温度测量方法及系统,该方法包括如下步骤:获得二维梯度多回波序列图像;将图像中对像组织分为感兴趣区域和参考区域;分别分离出所述参考区域的水、脂肪的相位图以及场图;对所述参考区域的水和脂肪相位图及场图进行多项式拟合,求得三组多项式系数;利用所述三组多项式系数,进行内插,获得所述感兴趣区域的水和脂肪的基线相位图和场图;利用所述感兴趣区域中多回波图像信号值和上述获得的场图分离出所述感兴趣区域中水和脂肪信号,得到水和脂肪相位图,结合上述获得的水和脂肪基线相位图可获得所述感兴趣区域的温度变化。本发明无需进行脂肪抑制,对组织运动不敏感,可提高测温精度⊙