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本发明涉及船载自动水质采样器,主要包括样品采集器、样品储存箱。样品采集器由支撑框架、悬吊装置、样品吸取装置、采样桶、控制器组成;样品储存箱由储存箱箱体、样品瓶、样品分流器组成。本发明船载自动水质采样器的样品采集器、样品储存箱采用分体式结构,能够适合各种有人、无人船只安装使用;能够自动实现将不同深度的水质样品采集至指定的样品瓶中,提高水质采样工作自动化水平和采样效率;采样桶取样方式跟人工采样相同,能精确获取桶位所在位置的水体样本,可有效保证采样结果的客观准确性。