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本发明公开了一种基于行为分析的指纹存储比对的方法,涉及指纹比对领域,该方法为:基于用户的行为特征对指纹库中的每个指纹模板加上时间频度标签和空间位置标签,将指纹模板根据时间频度和空间位置进行分级,将比对过程分为本地比对、网络比对和服务器比对三个级别,对应最常用的本地指纹库、常用的网络指纹库以不常用的服务器指纹库,每一次比对过程先发生在本地指纹库,本地比对成功即获得结果;如果本地比对失败,则进行网络比对,使用某一个地区范围的指纹库进行分布式比对,成功即获得结果;如果网络比对失败,则进行服务器比对,使用服务器存储的不常用指纹库进行比对。本发明能有效缩小比对范围,缩短比对时间,提高比对效率。