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本发明涉及一种含有氯己定和壳寡糖的药物组合物,其中氯己定和壳寡糖的质量配比为(0.1~1):1,所述氯己定包括醋酸氯己定、葡萄糖酸氯己定、盐酸氯己定或枸橼酸氯己定,所述壳寡糖的分子量小于5000,以及该药物组合物在制备皮肤或物品表面的消毒剂中的应用,在制备空气喷雾消毒剂中的应用,在制备口腔消毒剂中的应用,在制备阴道冲洗液中的应用,或者在制备阴道用凝胶剂中的应用;氯己定与壳寡糖的组合物,其中壳寡糖有显著提高氯己定的抗菌作用。