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本发明公开了一种基于免疫方法的细菌自动分选标记装置,包括基板,所述基板的表面分别设有磁珠流体罐和荧光物质罐,所述磁珠流体罐通过导管连接有第一液泵,所述第一液泵通过导管连接第一培养罐,所述第一培养罐的顶端设有第一注射口,所述荧光物质罐通过导管连接第二液泵。该基于免疫方法的细菌自动分选标记装置,通过控制器分别控制第一培养罐和第二培养罐向第三培养罐注入的培养菌量,可以实现定量精确培养,通过电磁铁吸附磁珠 目的细菌复合体,效果好,将第三培养罐和废液罐、清洗管直接连接,有利于提高清洗提纯效率,提纯用时少,经济效益高。