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本发明公开了一种疏水性纳米纤维素气凝胶的制备方法,包括如下步骤:在纳米微晶纤维素的水溶胶中依次加入一定比例的交联剂、有机硅烷化合物和低表面张力溶剂的混合物,加热搅拌反应并去除水,最后将得到的湿凝胶进行常压干燥处理,即可得到疏水性纳米纤维素气凝胶。该气凝胶的密度为0.01~0.2 g/cm3,比表面积为600~1200 m2/g,导热隔热系数为0.013~0.055 W/mK。本发明提供的制备方法,采用常温干燥技术,制备成本低廉、对设备工艺要求简单、操作安全。