本发明提供一种磁共振成像的图像水脂分离方法和系统,其方法包括:基于磁共振成像获得的多个不同回波时间下的原始图像,估计所述原始图像中每一个像素的场图值,获得所述每个像素的初始场图值,生成相应的场图;将所述场图进行分块处理,获得多个子块;基于所述每一个子块中初始场图值的分布曲线、利用局部增长方法估计所述每个像素的场图值最终解。通过本发明的方法和系统可找到适当数目的种子点,以局部增长的方法完成对每个像素的场图值两个解(即真实解fB,true和反转解fB,swap)的正确选取,实现水脂分离。