本发明涉及一种脑部图像处理方法和系统。所述方法包括:脑部图像采集步骤,对病人脑部进行扫描,得到脑部图像;病灶区域及中心确定步骤,获取从所述脑部图像中指定病灶区域及所述病灶区域的中心;特征值提取步骤,提取所述脑部图像中各像素点的灰度参数值作为所述像素点的特征值;相关性计算步骤,计算所述脑部图像中各像素点和病灶区域的中心点的特征值之间的互相关系数;相似区域确定步骤,筛选出所述互相关系数大于相关性阈值的像素点,根据筛选出的像素点的互相关系数得到脑部图像中非病灶区域与所述病灶区域相似的关联图像。上述脑部图像处理方法和系统,筛选除掉了不相关的图像,准确得到了与病灶区域相似的区域。